遥远的未来，人类科技昌明，已经进入可以随心所欲穿梭银河各个角落的时代。与此同时，身处银河边缘的人们为了取得回到地球的居住权而挑起战争。为此，四艘Death Shadow级别的宇宙战列舰被打造出来，投入战场。四号战列舰的舰长名叫哈洛克（小栗旬 配音），他一战成名，成为名垂青史的英雄。然而随着战争落下帷幕，哈洛克的身影也从人们的视线中消失。未过多久，船首刻着巨大骷髅头饰的海盗船“阿尔卡迪亚号”突然现身，而海盗船长竟然就是曾经的英雄哈洛克！此番他以宇宙海盗的身份高举叛旗，对抗联邦政府，成为在全宇宙范围内遭到通缉的头号罪犯。 青年“亚马”（三浦春马 配音）从政府那里接受了暗杀哈洛克的密令，随即伪装成船员潜入阿尔卡迪亚号。他沉着缜密，一步步接近这个宇宙重犯，然而却在这一过程中相继发现哈洛克的真实目的、海盗船的本来面目以及地球上被掩盖的真相。 世界灭亡在即，为了那万分之一的渺茫希望，哈洛克和战友们团结一致，全力冲刺。一度被联邦政府掩盖在黑暗之下的真相，闭锁的大门隐约打开，透射出未来的光芒……