第16集
隐形航班中的神秘囚犯名叫西蒙,原是神秘组织管理者手下的得力干将,由于生性不服管教,被组织关押起来。迈克尔作为组织认定的西蒙的继任者,不仅档案中被加上了西蒙所犯的种种恶行,同时被列入黑名单,蒙受着不白之冤。
此次西蒙花大价钱越狱出来,以炸毁酒店为威胁,希望用迈克尔做诱饵,诱捕管理者,找回自己过去的生活。迈克尔联系到管理者之后,表示希望共同抓捕西蒙归案。然而管理者对西蒙的轻视使自己落入了西蒙手中,迈克尔不惜驾车与西蒙相撞,并在管理者再次表示接纳自己入伙的时候手下留情,没有杀死坑害自己的西蒙,希望借此打入神秘组织内部。
同时,联邦调查局警探为抓捕迈克尔,对其母玛德琳威逼利诱,并最终在街头将迈克尔和西蒙捕获。然而不久之后,几个神秘人物将迈克尔领走,联邦调查局也对此无能为力。迈克尔经过几番周折,最终摘下头套时,发现自己坐在一个陌生的房间内,不知道自己将面对的是什么样的未来。(第三季完)
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